Unterschiedliche Flanschhöhen an einer Nabe haben nur sehr geringe Auswirkungen auf die Ausgeglichenheit der Speichenspannung. Man kann das mit dem Spokomaten gut nachrechnen, indem man bspw. eine Nabe vorgibt und dann mal die rechte Seite auf 100mm Flansch "aufrüstet". Die Gewinne an Ausgeglichenheit sind so gering, daß man sich keinen Kopf mehr um die Flanschhöhe machen will, jedenfalls nicht, wenn es um etwas anderes geht als um Optik.
Man kann das, wenn man selber eine Nabe konstruiert, als zusätzliche kleine Optimierung mitbenutzen. Im Radsport gilt ja immer die Devise: "Kein Vorteil ist zu klein, als daß man ihn liegen lassen dürfte." Aber als zentrale Kaufentscheidung ist das Thema sicherlich nicht sinnvoll.
Es kommt dabei ja noch ein anderes Thema dazu, nämlich die Perforation des Flansches: Bei hohen Speichenzahlen ist es nicht sinnvoll, den linken Flansch sehr klein zu machen, weil dann die Löcher sehr eng beieinander liegen und natürlich eher ausreissen, als an einem großen Flansch, wo zw. den Löchern noch ausreichend Metall ist.